El inodoro de un avión funciona de manera muy diferente a un inodoro normal. Cada taza del inodoro tiene dos válvulas. Una válvula de agua y la válvula de descarga. La válvula de agua proporciona agua del tanque de agua potable para descargar los desechos del inodoro y la válvula de descarga drena los desechos. Cuando se presiona el botón de descarga del inodoro, la unidad de control de descarga abre las válvulas de agua y de descarga, lo que permite que el agua salga de la taza del inodoro a un tanque de desechos.

A nivel del suelo, la presión de lavado la proporciona un generador de vacío. Este generador funciona con energía eléctrica y está conectado al tanque de residuos a través de una tubería. Cada vez que se presiona el botón de descarga, el generador de vacío se conecta, creando un vacío en el tanque de desechos, lo que permite que el contenido de desechos de los inodoros caiga al tanque. Cuando está en el aire y por encima de cierta altitud, la diferencia de presión entre la cabina y la atmósfera es suficiente para tirar los desechos de la taza del inodoro al tanque de desechos. Por lo tanto, el generador de vacío ya no es necesario.

En algunas aeronaves más antiguas y pequeñas, el inodoro es de tipo recirculación. En este tipo de sistema de inodoro no existe depósito de residuos. En su lugar, se utiliza un tanque de retención con una solución de lavado. Este líquido de lavado contiene desinfectantes que le dan al agua un color azul. En el tanque de retención, hay una bomba y un filtro. El servicio de un inodoro de recirculación es similar al de un inodoro de vacío. La única diferencia es que una vez que se vacía el tanque de retención, se debe volver a llenar o recargar con líquido de lavado nuevo, ya que requiere este líquido para el trabajo de lavado.

A veces, estos tipos de inodoros pueden tener fugas. Esto ocurre principalmente debido a un mantenimiento inadecuado del inodoro o fallas en los componentes. En vuelo, cualquier agua residual del sistema de inodoro puede congelarse, lo que puede dejar una línea de líquido de descarga congelado en el fuselaje del avión. La solución congelada puede incluso caerse del avión. Como si el inodoro se limpiara con desinfectante azul, el hielo que se forma puede ser azul. Esto a veces se llama hielo azul.